Прежде чем создать граф вам необходимо выбрать его тип:
Ориентированный или нет?
Нагруженный или нет?

Если флажок Орграф установлен то граф будет ориентированный, если не установлен, то не ориентированный.
Если флажок Нагруженный установлен, то граф будет нагруженный, если не установлен то не нагруженный.

После выбора вида графа нажмите кнопку [Создать].

Создания графа вручную:

Для добавления вершины необходимо нажать на кнопку, на боковой панели или нажать F3.
Для соединения вершин необходимо находиться в Режиме конструктора. Об этот сообщает строка в строке состояния.

Поменять режим можно нажав на кнопку на боковой панели. Или выбрать Граф->Выбор режима->Конструктора.

Если вы находитесь в режиме Конструктора, то выбираете первую вершину, а потом кликнете на второй вершине правой кнопкой мышки.

Загрузка матрицы смежности

Для создания графа можно задать его матрицу смежности, и по ней построить граф. Для этого в поле Матрица смежности вводите матрицу смежности. Все числа в ней должны быть разделены запятыми.

Пример матрицы смежности:
0,0,0,0,1,0
0,0,0,0,1,0
0,0,0,0,1,0
0,0,0,0,1,0
1,1,1,1,0,1
0,0,0,0,1,0

После ввода матрице, нажимает на кнопку и Граф появляется на экране.

Загрузка графа из файла

Существует возможность загрузить граф из файла, содержащего матрицу смежности. Для этого выберете Файл -> Загрузить матрицу смежности. Граф будет автоматически загружен в нижнее поле, и нарисован граф. Можно также сохранить матрицу смежности используйте Файл -> Сохранить матрицу смежности.